Seguro que alguien que sepa más de Física puede responder mejor que yo, pero me parece que estás entendiendo mal el concepto de equivalencia entre masa y energía. No quiere decir que la masa y la energía sean lo mismo, sino que existe una ley que da una relación de equivalencia entre la masa y la energía. Por ejemplo, también se puede anunciar la siguiente ley de equivalencia:

2*hombres = testículos

Es algo que podés comprobar y que va a ser cierto en una población. Pero no significa que los hombres y los testículos sean lo mismo.