El acorde son 3 notas superpuestas. El análisis de Fourier puede descomponerlo en las ondas sinusoidales básicas, ¿no?
Mandale Fourier a todo y vas a ver que anda.
Hay muchas herramientas para analizar y descomponer señales. Fourier es el primer paso, pero hay muchas más.
Si no las conocés, harías bien en estudiarlas (Señales y Sistemas, de Oppenheim).
Si ya conocés esas cosas, entonces no entiendo por qué no las aplicás,
o bien no entiendo qué es lo querés hacer.